Емельян Марков родился в Москве на Шаболовке. Неподалеку от Донского монастыря, где был расстрелян его прадед советский деятель юстиции Герман Михайлович Сегал за противодействие ходу репрессивных списков в 1937 году. Первым в семье был расстрелян его отец Михаил Григорьевич Сегал, скорняк, известный на всю Европу.
Там же, на Донском кладбище, похоронена прабабушка писателя Людмила Васильевна Уткина-Сегал. Она была из купеческой семьи коренных москвичей (дядя — купец 1-ой гильдии), училась в Московской консерватории по классу фортепиано. Ее прадед поднялся из подмосковных крестьян тем, что делал рояли. В середине XX века еще встречались рояли с надписью «Уткинъ».
Здесь же, возле стены кладбища в издательстве «КРПА-Олимп» был подписан в печать первый роман Емельяна Маркова «Третий ход», среди прочего, затрагивающий московские события октября 1993 года.
Прадед писателя по отцу дворянин Петр Козлов заведовал Павелецкой железной дорогой, второй прадед Филипп Логинов кузнечил, был авторитетным мастером художественной ковки. Петр Козлов взял себе супругу из польского дворянского рода в Кракове. Дед писателя Виктор Петрович, кадровый офицер, горевший в танке возле Халкин-Гола, женился на Надежде Логиновой, чем вызвал недовольство своей аристократической семьи. Надежда Филипповна, мастер женского зала парикмахерской. неизменно гордилась своими московскими корнями. Сестра Виктора Петровича Наталия, в замужестве Сушилина, закончила Московскую консерваторию по классу вокала и была приглашена в труппу Большого Театра. Однако выбрала разъезжую судьбу офицерской жены.
Дед писателя по матери поэт Алексей Марков родился в семье терских (а по более глубоким корням, скорее всего, донских) казаков. В 32-ом году семья, потерявшая из-за искусственного голода отца и младшую дочь, вынуждена была бежать из Ставрополья в Дагестан. С фронта Алексей Марков поначалу вернулся туда же.
В свой первый приезд в Москву он вышел на платформе «Москва-товарная» и так был подавлен лоском расположившихся здесь чистильщиков обуви ассирийцев, что сразу поспешил обратно в Махачкалу. Во второй приезд Алексей Марков по рекомендации Бориса Пастернака поступил в Литературный институт им. Горького. Однако Москва приняла не сразу, только, когда в редакции газеты ЗИЛа (тогда ЗИСа) Алексей Марков познакомился со своей будущей женой Августой Германовной. Алексей Марков писал:
Люблю вас, домики Москвы!
В каком-то переулке древнем,
Укрытые до головы
Ветвями вековых деревьев!
Здесь можно с книгою присесть
За столиком, видавшим виды,
И можно отдышаться здесь
От незаслуженной обиды!
Отношения деда с бабушкой легли в основу прозаической фуги «Воздух».
Первые годы жили в комнате коммунальной квартиры на улице Усачева рядом с Новодевичьим монастырем. Дочь Екатерину вывешивали в корзине за окно, коляску купить было не на что. Когда родился сын Сергей — бытовали в одной комнате вшестером: вернувшаяся из лагеря Людмила Васильевна, ее дочери Августа и Наталья, зять Алексей, внуки Екатерина и Сергей. А соседи крутили за стеной легендарную песню Раджа Капура из индийского кинофильма «Бродяга» (1951). Только песня заканчивалась, как начиналась снова.
В 1957-ом году переехали в коммуналку на Ломоносовский проспект. К концу 60-х квартира стала отдельной. Здесь провел младенческие годы Емельян Марков. Свои первые московские ощущения он описал в рассказе Невозможный.